توی فریمورکهای جدید (از 4 5 سالاخیر) این کارو میکنن که زیر فولدری که public سایت هستو دست web server هستش فقط entry اون application رو میذارن، همون index.php و بقیه فایلها میرن یه level بالاتر
توی CI هم باید برید توی index و آدرس application و setting رو تغییر بدید یه دروه آموزشی به نام
codeigniter best practices
هست که اینکارو از صفر تا صد انجام میده